Negeri sudah berpenghulu, namun Alam jua yang belum beraja. Oleh itu pada 29 April 1898 diadakanlah Majlis menandatangani perjanjian antara Yam Tuan Sri Menanti dengan Undang Yang Empat dan Inggeris mengakui Yam Tuan Sri Menanti menjadi Yam Tuan Besar Negeri Sembilan dan menerima seorang penasihat British sebagai Residen yang rasmi.

Perjanjian ini mengakui Tunku Muhamad ibni Almarhum Tunku Antah sebagai Yang Dipertuan Besar Negeri Sembilan yang pertama dan ditabalkan dengan penuh adat tabal dan peraturannya pada 7hb. Mei, 1898. E.W. Birch telah dilantik menjadi Residen, menggantikan Martin Lister,

Dengan pertabalan ini maka BERSATULAH SEMULA ALAM NEGERI SEMBILAN dengan berajakan Yang Dipertuan Besar – Tunku Muhamad ibni Almarhum Tunku Antah, setelah berlaku perpecahan tiga buah luak, Luak Sungai Ujung, Rembau dan Jelebu, menjadi sebuah Negeri yang meliputi semua Luak atau Daerah hingga ke hari ini.

Namun sebelum itu Pada 13.07.1889, Yam Tuan Besar Sri Menanti Tuanku Mohamad Ibni Almarhum Tuanku Antah bersama-sama pemerintah-pemerintah Johol (termasuk Gemenceh), Inas, Ulu Muar, Jempol, Gunung Pasir dan Terachi, Tunku Syed Hamid, Tampin dan Dato Setia Raja Rembau dengan rasminya bersetuju menerima perlindungan British dan bersetuju membentuk satu Konfiderasi yang dinamakan Negeri Sembilan. Persetujuan ini dibuat melalui satu perjanjian yang ditandatangani bersama oleh Gabenor Negeri-Negeri Selat, Sir Cecil C. Smith.

Konfiderasi ini mengandungi negeri-negeri dalam konfiderasi Sri Menanti iaitu Johol (termasuk Gemenceh), Inas, Ulu Muar, Jempol, Gunung Pasir, dan Terachi; negeri-negeri Rembau dan Tampin. Seorang Residen British dipersetujui akan dilantik untuk membantu pentadbiran Kerajaan Konfiderasi ini. Dalam konfiderasi ini tidak seorang pun pemerintah yang melebihi kuasanya dari pemerintah yang lain.

Dengan penubuhan Konfiderasi ini pada tahun 1889 maka kawasan Negeri Sembilan terbahagi kepada dua unit pentadbiran yang diakui oleh Inggeris.
Yang pertama ialah kawasan bahagian Timur yang mengandungi Sungai Ujung (termasuk Jelebu) di bawah Residen Sungai Ujung, W.F.B. Paul, dan
yang kedua ialah bahagian Barat dengan nama Negeri Sembilan di bawah Residen Negeri Sembilan, Martin Lister.

Keadaan ini berkekalan hingga ke tahun 1895 apabila pada 8hb. Ogos, 1895, sekali lagi Yam Tuan Besar Sri Menanti bersama-sama Dato’ Sedia Raja Rembau Sirun dan Dato’ Tampin disertai pula oleh Dato’ Bandar Ahmad Sungai Ujung, Dato’ Jelebu Syed Ali, dan Dato’ Johol telah menandatangani perjanjian di hadapan Gabenor Negeri-Negeri Selat, Sir Charlis Bullen Hugh Mitchell, menyatakan menerima perlindungan Kerajaan British dan bersetuju untuk menubuhkan Konfiderasi Negeri Sembilan yang lebih besar.

Mereka jua bersetuju supaya dilantik seorang Residen dan bersedia menurut nasihat-nasihatnya dalam semua perkara mengenai pentadbiran negeri kecuali yang berkaitan dengan agama Islam dan adat istiadat orang-orang Melayu.
Dengan termaktubnya perjanjian ini maka tertubuhlah Konfiderasi Negeri Sembilan yang wujud hingga sekarang. Martin Lister telah dilantik sebagai Residennya yang pertama.