Sejarah Majlis Raja-Raja bermula dengan penubuhan Majlis Raja-Raja Melayu bagi Negeri-Negeri Melayu Bersekutu. Pada 1 Julai 1896, Negeri-negeri Melayu Bersekutu yang terdiri daripada Negeri Perak, Selangor, Negeri Sembilan dan Pahang telah ditubuhkan menjadi Negeri-Negeri Bersekutu. Sehubungan dengan itu, satu Majlis Raja-Raja Melayu bagi Negeri-Negeri Melayu Bersekutu telah ditubuhkan untuk membincangkan hal-ehwal dan kepentingan bersama dengan Pemerintah Inggeris.

Mesyuarat Pertama Majlis Raja-Raja Negeri Melayu Bersekutu atau lebih dikenali sebagai Mesyuarat Durbar telah diadakan pada 13 – 17 Julai 1897 di Istana Negara, Bukit Chandan, Kuala Kangsar, Perak.

Durbar timbul daripada perkataan Urdu-Parsi (Darbar) yang membawa maksud Istana Raja. Durbar juga bermaksud perjumpaan atau persidangan umum yang diadakan oleh Raja-Raja ataupun gabenor atau wizurai British di India pada masa dahulu.

Raja-Raja Melayu yang hadir dalam mesyuarat Durbar tersebut ialah DYMM Sultan Idris Murshidul Aadzam Shah (Negeri Perak), DYMM Sultan Abdul Samad (Negeri Selangor), DYMM Tuanku Muhammad (Yang Di-Pertuan Besar Negeri Sembilan) dan DYMM Sultan Ahmad (Negeri Pahang).

Pihak Inggeris pula diwakili oleh Sir Charles Mitchell, Gabenor Negeri-Negeri Selat dan Pesuruhjaya Tinggi Negeri-Negeri Melayu Bersekutu, Sir Frank Swettenham (Pengerusi Mesyuarat), Residen Jeneral Negeri-Negeri Melayu Bersekutu, Hugh Clifford, Residen Inggeris di Pahang, J.P Rodgers, Residen Inggeris di Selangor dan W.H. Treacher, Residen Inggeris di Perak. Mesyuarat Durbar telah diadakan sebanyak 9 kali hingga tahun 1939.

Apabila Persekutuan Tanah Melayu ditubuhkan dalam tahun 1948, keahliannya ditambah dengan kemasukan Negeri-negeri Melayu Tidak Bersekutu iaitu Negeri Johor, Kedah, Perlis, Kelantan dan Terengganu. Namanya juga telah dipendekkan menjadi Majlis-Raja-Raja. Mesyuarat pertama bagi tempoh ini telah diadakan pada 18 Februari 1948 di Kuala Lumpur dan telah dipengerusikan oleh DYMM Sultan Ibrahim ibni Sultan Abu Bakar, Sultan Johor. Pihak Inggeris diwakili oleh Pesuruhjaya Tinggi Persekutuan Tanah Melayu. Antara Februari 1948 hingga Ogos 1957 mesyuarat Majlis Raja-Raja telah diadakan sebanyak 50 kali.

Selepas Persekutuan Tanah Melayu mencapai kemerdekaannya, negeri Melaka dan Pulau Pinang turut menjadi ahli dan ini diikuti pula oleh Sabah dan Sarawak apabila Malaysia ditubuhkan pada tahun 1963.
Mesyuarat Majlis Raja-Raja yang pertama selepas merdeka telah diadakan pada 30 dan 31 Oktober 1957 dan dipengerusikan oleh DYMM Sultan Syed Putra ibni Almarhum Syed Hassan Jamalullail, Raja Perlis. Mesyuarat Majlis Raja-raja ke-125 pula diadakan pada 15 – 16 Oktober 2008 di Terengganu.